הרצל, בן חנה-פייע לבית שלמן ונתנאל מרקוביץ, נולד ב-כ"א בסיון תרס"ז (3.6.1907) בשכונת נווה צדק שבגבול תל-אביב ויפו.
הוריו היו מוותיקי היישוב היהודי בארץ (האם נולדה בחברון והאב בצפת). הם נישאו בצפת, וב-1903 עברה המשפחה להתגורר ביפו. בשנת 1912 נפטרה האם והרצל, אחיו ושלוש אחיותיו נותרו עם אביהם. הרצל למד בתלמוד תורה בשכונת נווה שלום, ובחשאי אף למד צרפתית בבית הספר הצרפתי ביפו.
אביו של הרצל היה שען שלמד את מקצועו מאביו, והיה בעל חנות לתכשיטים ושעונים ברחוב בוטרוס ביפו. הוא היה מופקד על השעונים במגדל השעון של יפו, והותר לו להישאר בעיר בעת גירוש תושביה היהודים בימי מלחמת העולם הראשונה. בגלל הרעב בארץ שלח האב את כל הילדים לבית אביו – הרב יצחק מאיר מרקוביץ – שהיה מרבני צפת ואחד משבעת טובי כולל רומניה. בהמשך עברו הילדים לבית משפחת רוזנפלד בראש פינה, קרובי משפחתם, ובתום המלחמה חזרו לאביהם. באותה תקופה נישא האב בשנית לאחות אשתו שרה, והיא גידלה את ילדיו כילדיה שלה.
הרצל היה נער מוכשר, יפה תואר, רגיש וטוב לב. הוא היה מקובל ואהוד על בני גילו, אמיץ, בעל כוח גופני רב ועם זאת אהב לשיר ולנגן בחליל. הרצל חבר לקבוצת נערים שהשתתפו בפעילות חברתית-תרבותית במסגרת "קלוב בורוכוב". במציאות הקשה של אותם ימים גילו הרצל וחבריו רגישות לעוני ולסבל שמסביבם. בביתו נתינה הייתה ערך חשוב מאין כמוהו.
ביום כ"ג בניסן תרפ"א (1.5.1921) החלה ההתקפה ביפו שסימנה את פרוץ מאורעות תרפ"א. באותו היום פרעו ערבים בפעולות ביזה ובהתקפות על עוברי אורח ובתי עסק של יהודים. הפרעות התרחשו ברחבי יפו ובמתקפה על "בית החלוץ" נפצעו עשרות ונהרגו רבים. בעודו משחק בחצר ביתו, לשמע היריות והצעקות גברה עליו סקרנותו והרצל יצא לרחוב תלמוד תורה, ומצא את מותו כאשר שוטר ערבי במדים ירה בו מטווח קצר. השוטר הועמד לדין אך שוחרר בתום המשפט.
הרצל מרקוביץ הובא למנוחת עולמים בבית הקברות ברחוב טרומפלדור בתל-אביב. בן 13 במותו. הותיר אחריו הורים, אח ושלוש אחיות מאימו, ואחות מנישואיו השניים של אביו. במרוצת השנים נוספו למשפחה ארבעה ילדים נוספים.
אביו היה בין היוזמים להקמת מצבת האחים לקורבנות המאורעות.
בחוברות "קונטרס" מובאות נסיבות הירצחו כפי שהעידו עליהן דוד אלישבסקי ודוד ריקלין.