מרדכי, בנם של של יעקב דוד ונחה דבורה, יליד 20 בנובמבר 1919, באוסטרוב מזובייצקי שבפולין.
משפחת פלונצ'יק הינה משפחת רבנים. ראשית חינוכו ב"חדר" וכשבגר נשלח להמשך לימודיו בישיבות הנודעות בליטא ומקום לימודיו האחרון היה בישיבת באראנוביץ' שבפולין. בישיבה נודע כעילוי, מהיר-תפיסה ומעמיק-הבנה, מה שהכשירו להיות בבוא הזמן רב בישראל, כמו אחיו הבוגרים ממנו.
התגברות התנועה הציונית והחלוצית בפולין נתנה גם בו את אותותיה ולמרות התנגדות תקיפה מצד בני משפחתו ומצד ראשי הישיבה יצא להכשרה בכוונה לעלות לארץ-ישראל. מרדכי עלה לארץ בשנת 1932 ולאחר תקופת עבודה בחקלאות ובבניין עבר לתפקידי שמירה ובהם גילה דריכות ועוז-נפש. הוא שמר בשדות יקנעם ובשאר מקומות שסכנה ארבה בהם למתיישבים היהודים. עם פרוץ מאורעות הדמים של שנת 1936 הצטרף ל"אגודת השומרים" וגם לארגון ה"הגנה". הוא היה בן מ"ג אסירי קורס ה"הגנה" שנאסרו על-ידי הבריטים ב-1.10.1939, נידון עם חבריו למאסר והיה כלוא שנתיים.
בזמן שהותו במאסר, עלו לארץ חלק מבני משפחתו. אלו הפצירו בו, עם שחרורו, שיניח את השמירה ואת הפעילות בארגון המגן, אולם מרדכי המשיך בתפקידיו.
זמן קצר לאחר שחרורו, יצא עם עשרים ושניים מחבריו לפעולת-קומנדו נועזת בעורף האויב. משימתם של "יורדי הסירה" היתה לחבל בבתי הזיקוק בטריפולי שתחת שלטון ממשלת וישי ובכך לפגוע בפעילותו של חיל האוויר הגרמני במזרח התיכון.
ביום כ"א באייר תש"א (18.5.1941) יצאו כ"ד יורדי הסירה" "ארי הים" למשימתם, אך כעבור זמן נותק הקשר עם הסירה.
מקום קבורתם של יורדי הסירה, לא נודע.
רוב משפחתו של מרדכי ובהם הוריו וכמה מאחיו ואחותו, ניספו בשואה.
פרטי חייו וקורותיו של מרדכי פלונצ'יק, מופיעים באופן חלקי באתר משרד הביטחון.
סיפורו הושלם בשנת 2018, על ידי חוקרי "לתת פנים לנופלים".